Depuis 1659, Colbert cherche à asseoir l'efficacité de l'administration en traquant les gaspillages, les rentes et les malversations. Cette entreprise l'oppose notamment au surintendant Fouquet, dont il obtient la tête en 1661. La réorganisation et l'optimisation de tous les services de l'Etat sera désormais au coeur de son activité. Colbert crée les grandes manufactures destinées à transformer des matières premières importées en produits finis exportables pour le plus grand bien de la balance commerciale du Royaume. Il réorganise et renforce également la Marine afin d'assurer aux commerçants français une logistique à la hauteur de leurs activités. La construction de navires étant une entreprise très gourmande en bois, Colbert lance en 1669 la réformation des forêts royales, destinée à garantir le renouvellement des ressources en bois "afin que les navires du royaume aient des mâts en l'an deux mille".
En 1670, Colbert fait fonder un comptoir à Pondichéry, créant au passage les Compagnies commerçantes des Indes Orientales, des Indes Occidentales, du Levant. Il crée la caisse des emprunts en 1673, règlemente les transactions hypothécaires, les droits de douane et tout ce qui touche de près ou de loin aux finances publiques.
Colbert s'éteint le 6 septembre 1683, léguant à Louis XIV une œuvre réformatrice d'envergure ainsi qu'un Royaume aux finances considérablement renforcées.